W kwietniu 1945 roku powrócił personel Szpitala ze Studzieńca i włączył się do pracy Szpitala przy ul. Siennickiej. Częściowy wybuch amunicji zniszczył cztery pawilony parterowe, trzypiętrowy "pawilon szkarlatyny" i poważnie uszkodził pawilon centralny. Po częściowej odbudowie, w lipcu 1948 roku Szpital Zakaźny na Wolskiej ponownie ożył, uruchamiając 300 łóżek, jednocześnie zwalniając budynek przy ul. Siennickiej 15. Zgodnie z założeniami czasowego uruchomienia szpitala, odbudowano jedynie pawilon centralny, tzw. obserwacyjny, oraz niezbędne zaplecze diagnostyczno-gospodarcze.

W 1950 roku zapadła decyzja odbudowy drugiego trzypiętrowego ,,pawilonu szkarlatyny" z dostosowaniem jego wnętrza do nowych wymogów zamkniętego lecznictwa zakaźnego, według projektu arch. inż. Zygmunta Radwańskiego. W czasie odbudowy tego pawilonu, zimą roku 1951, Szpital przeżył dni grozy spowodowane możliwością wybuchu odnalezionego przypadkowo magazynu 12 ton trotylu. Zaalarmowane władze wojskowe nie kryły niebezpieczeństwa zniesienia z powierzchni ziemi zabudowań Szpitala i okolicznych domów, nie wyraziły jednak zgody na ewakuację przepełnionego chorymi Szpitala. Po dwóch tygodniach życie wróciło do normy, przy czym tylko nieliczni pracownicy znali wagę grożącego niebezpieczeństwa.

W odbudowanym drugim pawilonie umieszczono 251 łóżek w pokoikach jedno-, dwu- i sześciołóżkowych, ze śluzami i węzłami sanitarnymi. Urządzono oddział chirurgiczny, pracownię analityczną i aptekę. Dwa piętra oddano do użytku Akademii Medycznej, tworząc dwa oddziały pod kierunkiem prof. Gernera, po śmierci którego w 1952 roku kierownictwo I Kliniki objęła doc. dr med. Klementyna Rachoń, a II Kliniki prof. dr med. Bertold Kasur.

W styczniu 1955 roku utworzona została II Klinika przeznaczona dla małych dzieci, w nowocześnie rozwiązanym oddziale kierowanym przez prof. dr. med. Jana Bogdanowicza. Dla potrzeb studentów i szkolących się lekarzy oddano pomieszczenia na szatnie i poczekalnie. W trosce o chorego zaangażowano doświadczonych konsultantów, specjalistów neurologii, laryngologii, chorób skóry, wprowadzano nowe leki, a na miarę posiadanych środków i możliwości, rozszerzono zaplecze diagnostyczno-gospodarcze i podnoszono poziom sanitarny Szpitala.

Względnie dobre warunki lokalowe umożliwiają szpitalowi niesienie wszechstronnej pomocy zakaźnie chorym Warszawy i województwa i pozwalają włączyć się do walki z epidemiami wszystkich chorób zakaźnych Wygodne pokoje chorych, duża możliwość izolacji w boksach melcerowskich, stosunkowo bogaty sprzęt pomocniczy oraz powszechna i wyjątkowo wysoka troska o chorych, uwypuklają specjalistyczną pozycję szpitala. Mimo stałego piętna tymczasowości, warszawski Miejski Szpital Zakaźny uzyskał możliwość wyodrębnienia budynku administracji, stworzenia jedynej w tym rozwiązaniu trójzespołowej izby przyjęć, podziału dużych sal na mniejsze pokoje łóżkowe oraz wyposażenia w nowoczesny sprzęt oddziałów i pracowni diagnostycznych. Dla ochrony ludności miasta wybudowano centralny dezynfektor ścieków szpitala.

W dniu 13 grudnia 1962 roku Miejski Szpital Zakaźny posiadał 500 łóżek w ośmiu oddziałach miejskich i oddziałach klinicznych. Tego dnia odbywały się uroczystości z okazji osiemdziesięciolecia istnienia i pracy Szpitala Zakaźnego w Warszawie. Z tej okazji odsłonięto Kamień Pamiątkowy .

W dniu 13.04 1978 roku uroczyście obchodzono kolejną rocznicę 95-lecia powstania Szpitala Zakaźnego Nr.1 w Warszawie.

Opracowała na podstawie materiałów archiwalnych Małgorzata Grzechocińska