Dnia 16 października 1881 roku, gdy Prezydentem Miasta Warszawy był carski generał Sokrates Starynkiewicz, Rada Miejska dla ochrony ludności przed szerzącymi się w tym czasie epidemiami ostrych chorób zakaźnych, powzięła uchwałę o budowie odrębnego szpitala dla chorych zakaźnie.

W tym celu Zarząd Miasta, na wniosek Komisji, wyasygnował jednorazowo 14.500 rubli i wstawił do budżetu rocznie 9.000 rubli na czynsz dzierżawy i utrzymanie pięćdziesięciołóżkowego szpitala, czynnego w okresie trzech miesięcy zimowych. W ramach realizacji uchwały Zarząd Miejski wydzierżawił od Hermana Goldenringa na 12 lat posesję nr 3086 A na Woli tzw. Ogród Ohma, gdzie pierwotnie mieścił się ogród rozrywkowy ,,Prado", a później, w jednym z nieistniejących już pawilonów, mieściła się fabryka obić papierowych Józefa Franciszka. W kontrakcie przewidziano, że w okresie dzierżawy Rada Miejska przebuduje na swój koszt istniejące baraki drewniane i wybuduje nowe, konieczne dla szpitala budynki, które w wypadku nieprzedłużenia umowy przejdą bez odszkodowania na własność Goldenringa. Czynsz rocznej dzierżawy ustalono na 4000rb. Wybrany teren odpowiadał warunkom izolacji chorych zakaźnie. W cienistym ogrodzie płynął strumień, co zapewniło bieżącą wodę, a budynki, jakkolwiek bardzo zniszczone, rozkładem wewnętrznym i rozmiarem izb odpowiadały potrzebom szpitala. Nadzór nad budową powierzył Zarząd Miejski radnemu R.T. Wiłujewowi. W okresie od 20.09. do 31.12.1882 roku wyremontowano istniejące baraki i wybudowano nowe budynki izby przyjęć, kuchni, pralni, dezynfektorni, salę operacyjną i kostnicę, budynki stajni, wozowni oraz mieszkanie dla lekarza, sióstr miłosierdzia i służby. Ogólny koszt budowy szpitala wyniósł 21.351rb., przy czym roboty budowlane wyniosły 16 820rb., a wyposażenie szpitala 4 530rb. W dniu 31.12.1882 budowa szpitala była całkowicie zakończona, a sale chorych i pomieszczenia pomocnicze zostały wyposażone w potrzebny sprzęt.

Plan stanowisk nowego Szpitala obejmował następujące stanowiska i pozycje wydatków :

W roku 1885 szpital przemianowany został na szpital zapasowy, czynny jedynie w okresie epidemii. W roku 1894 Zarząd Miejski dzierżawioną działkę zakupił na własność, a szpital zakwalifikował do pracy w ciągu całego roku. Sześć lat później, w roku 1900, Zarząd Miejski nadał szpitalowi nazwę Szpital Zakaźny Miejski św. Stanisława.

 W 1905 roku w skład Szpitala Zakaźnego wchodziło 15 budynków stałych i 2 przenośne baraki typu Dekera.:

• budynek murowany, stojący przy rogu ulicy Wolskiej i Młynarskiej, mieścił w sobie izbę przyjęć, aptekę, gabinet lekarza naczelnego, laboratorium bakteriologiczne, kuchnię z magazynami, kaplicę i mieszkanie dla sióstr miłosierdzia oraz mieszkania służby. W przybudówce mieszkał miejscowy felczer i sanitariusz karetki szpitalnej.
• budynek administracji z mieszkaniami lekarza miejscowego i intendenta.
• budynek anatomii patologicznej z salą sekcyjną, trupiarnią i kaplicą przedpogrzebową
• budynek komory dezynfekcyjnej, suszarni mechanicznej, skład bielizny oraz szwalnia
• dwa budynki murowane pralni
• jeden budynek murowany na skład rzeczy należących do chorych i kocioł parowy
• budynek nr 1 na 22 łóżka
• budynek nr 2 na 22 łóżka
• budynek nr 3 na18 łóżek
• budynek nr 4 na 22 łóżka i sala operacyjna w przybudówce
• budynek nr 5 na 32 łóżka
• dwa baraki drewniane typu Dekera po 12 łóżek każdy
• budynek drewniany (wozownia, stajnia i składy węgla, drzewa, siana)
• budynek drewniany (skład słomy)
  

Budynki były skanalizowane i posiadały wodociągi. Oświetlenie było gazowe, ogrzewanie piecami węglowymi. Budynki łóżkowe oznaczone numerami 1-5 były murowane parterowe. Łóżka wyposażone były w sienniki napełnione słomą (świeżą dla każdego chorego) oraz trudne do dezynfekcji kołdry.

Personel składał się z 8 lekarzy, 4 felczerów, 5 pielęgniarek, 6 posługaczy, 12 posługaczek i 3 urzędników. Dla przewozu chorych zakaźnie Szpital posiadał konną karetkę sanitarną i dwa konie.

W 1911 roku Zarząd Miejski dokupił sąsiednią działkę, oznaczoną numerem 3087B, o przestrzeni 12 553 łokci kwadratowych, a jesienią rozpoczęła się budowa siedemdziesię­ciodwułóżkowego pawilonu z planem zakończenia budowy w 1912 roku.

W listopadzie 1919 roku lekarzem naczelnym Szpitala Zakaźnego został dr Henryk Rupert i pełnił tę funkcję do dnia swej śmierci, tj. do5 kwietnia1920r. Po śmierci doktora Ruperta stanowisko lekarza naczelnego objął dr med. Witosław Dąbrowski. Gdy obejmował to stanowisko na terenie Szpitala znajdowały się 4 pawilony parterowe (72 łóżka), duży pawilon z czterema oddziałami (298 łóżek) i drewniany barak róży (45 łóżek), co łącznie stanowiło 415 łóżek. Od ulicy Wolskiej przy głównym wejściu, znajdował się dom administracyjny, a naprzeciw niego budynek z izbą przyjęć, apteką, kuchnią, kaplicą i mieszkaniem sióstr zakonnych. Nieco głębiej, od ulicy, znajdowała się niedawno wybudowana pralnia parowa i mieszkania służby, kaplica przedpogrzebowa, laboratorium, sale sekcyjne i kostnica. W sąsiedztwie znajdowały się szopy, składy, wozownia i czasowa kotłownia.