Prymitywne warunki lokalowe, niedostateczna ilość łóżek i brak kredytów na budowę szpitala zmuszają Zarząd Miejski do dalszej rozbudowy i unowocześnienia szpitala przy Wolskiej. W roku 1929 zakończono budowę pierwszej części programu, a druga część nie doczekała się realizacji. Projekt wykonał i nadzorował inż. arch. Władysław Borawski, tworząc budynki o wysokiej wartości architektonicznej i funkcjonalnej. Dnia 21 sierpnia 1925 roku uchwałą nr 2766 Magistrat m. st. Warszawy zatwierdził program przebudowy i rozbudowy Szpitala Zakaźnego .

Program ten przewidywał:

• zburzenie drewnianego pawilonu róży (45 łóżek),
• wybudowanie pawilonu centralnego (212 łóżek),
• wybudowanie nowej kuchni centralnej,
• wybudowanie kotłowni wysokiego ciśnienia.

W dalszym etapie program przewidywał budowę: pralni, szwalni, pracowni anatomo­pato­logicznej i kostnicy, budynku administracyjnego, oddziału chorych I oraz przebudowę kaplicy. Obok pięknego pawilonu chorych stanęła wyjątkowo dobrze rozplanowana kuchnia , która dziś jeszcze może być wzorem rozwiązania funkcjonalnego. Po tej rozbudowie Miejski Szpital Zakaźny miał 584 łóżka w dwóch wielopiętrowych i czterech parterowych pawilonach oraz pełne nowoczesne zaplecze diagnostyczne i gospodarcze. Podniósł się poziom opieki nad chorymi i polepszyły się znacznie warunki opieki nad chorymi i warunki pracy.

W latach 1930-1931 lekarzem naczelnym Szpitala Zakaźnego był dr med. Konrad Orzechowski. Po przejściu doktora Orzechowskiego na stanowisko Dyrektora Wydziału Szpitalnictwa, Zarząd Miejski mianował w 1931 roku dyrektorem Ignacego Romana Szpikowskiego. Szpital w tym okresie posiadał 16 oddziałów rozmieszczonych w 4 budynkach parterowych mających 60 łóżek, jednym budynku trójkondygnacyjnym centralnym (300 łóżek), jednym budynku trójkondygnacyjnym centralnym (240 łóżek). Razem liczył 600 łóżek, w tym 586 łóżek III klasy, 10 łóżek II klasy oraz 4 łóżka I klasy.

Zaplecze diagnostyczne i gospodarcze stanowiły:

• Pracownia chemiczno-bakteriologiczna
• Podręczne pracownie chemiczno-bakteriologiczne w oddziałach
• Pracownia rentgenologiczna
• Sala operacyjna
• Apteka Centralna
• Oddział dezynfekcyjny
• Łazienki w oddziałach
• Kostnica
• Sala sekcyjna
• Biblioteka naukowa
• Kotłownia centralna
• Kuchnia parowa
• Pralnia parowa
• Chłodnia z wytwórnią lodu
• Składy żywności
• Skład bielizny
• Garaż
• Waga wozowa
• Kąpielisko dla personelu
• Centrala telefoniczna
• Kancelaria administracyjna
• Kaplica przedpogrzebowa
• Kaplica dla personelu
• Mieszkania sióstr miłosierdzia i personelu
  

Narastające potrzeby lecznictwa zakaźnego spowodowały stopniowo rozbudowę szpitala od 50 łóżek z roku 1882 do 600 w roku 1939, a po zburzeniu w 1944 roku od 300 w roku 1948 do 500 łóżek w roku 1952.